日本虽然有所表示，但是沿海的倭寇骚扰仍然时有发生，于是洪武皇帝在奉天门告谕各省、府、台大臣说：
“海外蛮夷之国，有为患于中国者，不可不讨；不为中国患者，不可辄自兴兵。古人有言，地广非久安之计，民劳乃易乱之源。如隋炀帝妄兴师旅，征讨琉球，杀害夷人，焚其宫室，俘虏男女数千人。得其地不足以供给，得其民不足以使令，徒慕虚名，自弊中土，载诸史册，为后世讥。朕以诸蛮夷小国，阻山越海，僻在一隅，彼不为中国患者，朕决不伐之。”
洪武四年十月，日本使臣与赵秩等一行漂洋过海来到当时的都城金陵。得到这个消息，明太祖朱元璋十分高兴，当即指令要嘉赏赵秩等使臣，并赐稿劳日本的使臣为了达到招抚日本的目的，朱元璋还费了一番心思。他认为，日本的习俗是迷信佛教，可叫西方的佛教来诱导他们。于是朱元璋派遣了从全国召来的资深僧人克勤无逸和仲酞祖阐等八人送日本使者回国，并且要这8位僧人带去了自己赐给日本国王良怀的《大统历》和文绮、纱罗等珍贵物品。
但是让朱元璋没有想到的是，日本当局却阳奉阴违，当面一套背后一套，就在明廷使者到达日本不久，他们又在温州沿海一带烧杀抢掠。
洪武五年，倭寇入侵海盐、澉浦和福建省的沿海各郡县。洪武六年，大明朝廷命于显为总兵官，出海巡视倭寇出没的地区。倭寇却又在山东的莱州、登州等地沿海抢掠烧杀，闹得大明沿海没有安宁之日。
就在倭寇在大明沿海闹得鸡犬不宁的时候，洪武皇帝派出的资深僧人克勤无逸和仲酞祖阐等八人正在日本传授佛教。克勤无逸俗姓华，明绍兴萧山人，天台讲僧，天台宗澄性湛堂的法裔，师从杭州集庆教寺原璞法师。少时就开始学佛，熟读经典，后以金陵瓦官教寺住持的身份出使日本有功，朝廷令其还俗出仕，历任考功监丞、考功监令、山西布政使。曾隐居杭州萧山延庆寺
洪武五年冬十月，洪武皇帝朱元璋决定派使者带着国书送祖来回国，并加封怀良亲王。“由彼尚佛乘，亦以僧为使”，前两次出使日本的血的教训，以及这一次日本来使的僧人身份，令洪武皇帝坚定了也要派遣佛教僧人出使日本的想法。
选僧出使日本的圣旨颁下，全国五百僧人踊跃应征，最后选中了克勤无逸和仲酞祖阐等八人，其中包括正在金陵天界寺留学的日本僧人椿庭海寿和在杭州中天竺任藏主（寺院里管理藏经楼的执事）的权中中巽，这两位日本僧人是作为翻译同行的。仲酞祖阐当时是明州天宁寺住持，而克勤无逸的身份却没有片言提及。据《杭州集庆教寺原璞法师璋公圆冢碑铭》记载，克勤为原璞法师的嗣法弟子之一，其师于洪武元年应召至金陵，为在天界寺设立善世院而出谋划策，当年六月圆寂之后，克勤等弟子将其灵骨下在龙井辩才法师塔南造塔供奉。由此看来，克勤来自于杭州集庆寺，这座寺庙是南宋理宗为阎妃所建，当时还占了灵隐寺东的菜园，但克勤并不是住持，住持是他的师兄圆觉。集庆寺在九里松，离飞来峰不远，管时敏把它叫灵鹫和尚，所以用山名给寺院起名。
为了表示对这次外交的重视，洪武皇帝朱元璋也赐克勤无逸为金陵瓦官教寺住持。当时瓦官寺已毁，朝廷在天界寺内选择了一小院称为瓦官寺，是为了让克勤有一个比较官方的身份出使日本。临行前，洪武皇帝朱元璋亲封的“十大高僧”，杭州灵隐寺住持守仁一初和杭州中天竺寺的季潭宗泐正在京中，二人都分别赋诗相赠，其中《灵鹫僧勤无逸奉使日本回授官闻欲见举寄之》是仲酞祖阐写给克勤无逸的：
“五百僧中选僧使，奉诏直往东扶桑。飘飘瓶锡辞九重，大帆四月开南风。”
克勤无逸送给仲酞祖阐的诗：
“天宇寥寥一锡飞，忽闻承诏赴彤闱。山中书札三年别，海上梯航万里归。贾岛文章终释褐，曹溪弟子孰传衣。白云出岫无心处，老我沧江理钓矶。”
临行的时候，天界住持四明宗泐赋诗饯别：诗曰：
“帝德广如天，圣化无远迩。重驿海外国，贡献日赀委。维彼日本王，独遣沙门至。宝刀与名马，用致臣服意。天子鉴其衷，复命重乃事。由彼尚佛乘，亦以僧为使。仲猷知心宗，无逸写经义。二师当此任，才力有余地。朝辞阊阖门，夕宿蛟川。钜舰扬独帆，长风天万里。鲵鲸不敢骄，冯夷效驱使。沧茫熊野山，一发青云际。王臣闻招徕，郊迎大欣喜。时则扬帝命，次乃谈佛理。中国师法尊，远人所崇礼。祝兹将命行，孰有重于此。海天渺无涯，相念情何已。去去善自持，愿言慎终始。”
皇上看了四明宗泐的诗，大为赞赏，欣然和诗一首：
“尝闻古帝王，同仁无遐迩。蛮貊尽来宾，我今使臣委。仲猷通洪玄，倭夷当往至。谕善化凶人，不负西来意。迩僧使远方，毋得多生事。入为佛弟子，出为我朝使。珍重浦泉径，勿失君臣义。此行飞浣海，一去万里地。既辞释迦门，白日宿海。艨艟挂飞帆，天风驾万里。平心勿忧惊，自然天之使。休问海茫茫，直是寻根际。诸彼佛放光，倭民大欣喜。行止必端方，毋失经之理。入国有斋时，斋毕还施礼。是法皆平等，语言休彼此。尽善凶顽心，了毕才方已。归来为拂尘，见终又见始。”
洪武五年五月二十日，克勤无逸和仲酞祖阐等一行八人由宁波出海，三天后到达日本九州西部的五岛列岛，五天后的五月二十八日，抵达日本九州北部的博多，这里就是南朝的怀良亲王所控制的地方。然而克勤等人这次来得不是时候，当年二月，北朝大军就已经三路并进进入九州，到六月打败了南朝军队，怀良亲王退守博多。在战势如此紧迫的时候来到博多的克勤一行，显然不会受到怀良亲王的重视。八月二十二日，北朝军队攻占博多，怀良亲王退出九州。克勤一行人落到北朝军队手中，因为是随祖来前来博多的，被视为怀良亲王从明朝请来的救兵。克勤等解释说自己是来见北朝天皇的，但由于拿不出国书而无法取得信任。事实上，克勤等人身上确有书信，不过那是给南朝的怀良亲王的，他们怎么敢拿出来，不但不能拿出来，还得把书信藏得越秘密越好。不过，碍于他们的僧人身份，北朝的地方官暂时还不能随意处置，只得把他们软禁在博多的圣福寺。
这样又过了一百多天，祖阐、克勤等人被困在圣福寺，无人问津，困饿将死。到了九月，克勤觉得不能坐以待毙，于是悄悄写了一封信，请随团翻译日僧椿庭海寿秘密送给北朝洛阳的延历寺住持，请求他代为斡旋。举目无亲的克勤为什么会选择向素不相识的延历寺求救呢，这就不得不说说延历寺的来历了。
延历寺，位于日本京都郊区的比睿山上，所以又名比睿山寺，由传教大师最澄（曾经到中国唐朝求法，学习天台宗教法）于日本延历年间创建，后来成为日本佛教天台宗的大本山。延历寺的住持称为天台座主，一直与朝廷和政治高层保持着密切的联系，而且还保有两三千人的僧兵。武田信玄、上杉谦信等有名的日本武将都在这里出家，据说信玄和谦信就是这二人出家时的法名。另外也不乏日本皇室成员，如后醍醐天皇的儿子护良亲王就在这里出家并任天台座主，参与了针对北条幕府的倒幕运动。日本南北朝期间，北朝的光严天皇重建天龙寺，最后却因延历寺天台宗僧众反对而只能派出使者前去参加开光斋会，可见此时的延历寺在北朝的地位。
克勤无逸在此时求助于延历寺，一是因为“天台之山，国之首刹，为其首者，必国族大姓，勤恃以为同宗之人，苟肯为我济事，则是天台宗人能济两国之事，两国之君必有以待吾宗矣”，作为日本天台宗总本山，克勤希望延历寺能念在同宗之谊出手相助；二是因为此时住持延历寺的天台座主尊道入道法亲王（尊道是法名，法亲王专指出家的日本亲王），是北朝后圆融天皇的爷爷辈，希望通过他能直接见到天皇，完成出使日本的使命。
在这封信中，克勤不敢提南朝的事，只能说自己是衔王命出使北朝的，为什么没携带国书呢？克勤解释说，之前的两批使者带着国书经过南朝的领地时，总是被怀良亲王所阻而私自接纳，所以这次就没带，只派了两位日本僧人作为翻译，以证明自己的使者身份。克勤在信中表示，依佛制，僧人是不能作为外交使者的，自己此来是为避免两国因倭寇问题而起兵戈，以致生灵涂炭。还有另外一个重要目的就是来取经，求取在中国已经缺失的很多天台宗佛典，他顺势在信末开出了一系列的书单，希望尊道入道法亲王能满足中国佛教僧人的心愿。
随团的日僧椿庭海寿带着这封信以及一幅宋代名家所画的天台智者大师圣像，于当年十一月秘密将信送到了延历寺，但不知为什么，直到第二年也就是洪武六年五月，这封信才被尊道入道法亲王看到，赶紧转交给北朝当时的室町幕府第三代将军足利义满手中，北朝官府这才知道有明朝使者被扣留在博多。
克勤等人终于等来了北朝的回复，迎请祖阐前往洛阳住持天龙寺，而克勤则自行回国。克勤表示，自己一行是受皇帝派遣出使日本的，没有皇命不敢擅作主张，日本天皇如果想请祖阐住持天龙寺弘宣佛法，可以派使者同往中国当面表达诉求，得到明朝皇帝的允许后，祖阐才能名正言顺地来天龙寺住持。
洪武六年六月底，经过月余的长途跋涉，一行人终于抵达洛阳，被安排在城西嵯峨山的向阳庵，但不知道何故，等了很久也没有受到接见。这期间，克勤等人与洛阳的一些大寺名僧进行了交流，祖阐应请在天龙寺开坛讲经，阐释禅宗要义，听者无不欢喜雀跃，赞其为来自天朝的一代禅门宗匠。到了八月中旬，克勤一行在洛阳已经逗留了五十多天，北朝方面仍然没有动静。克勤只好写信给天龙寺住持清溪通彻，请求其代为曲通。到了八月底，收到消息的幕府同意明使回国，但再次表示要请祖阐住持天龙寺，祖阐以没有皇命而坚辞不就。十月，北朝派官员护送明使归国，克勤一行离开洛阳到达博多准备返乡。但天公不作美，一直到第二年他们才等来顺风。
洪武七年五月，克勤无逸等人终于踏上故国乡土，此次返航，顺风顺水，从日本博多到中国舟山仅用了五天。此次出使，历时整整两年。五月底，克勤一行抵达金陵，向洪武皇帝朱元璋汇报了出使日本的经过。洪武皇帝听完汇报，对克勤在出使日本期间果敢睿智，最终不辱使命大加赞赏，他甚至直接对左右文武大臣说，“勤，一沙门尔，乃能不辱君命如此，学孔子者，未能或之先也”，意思是说，人家只是一个和尚，却能够远赴重洋，不辱君命，你们这些儒生，有几个能比得上他呢？
洪武皇帝对此次出使极为满意，当场下诏赐祖阐和克勤每人白金一百两、绢帛两匹，其他随行僧人也赏赐不同数量的白金、绢帛。
